Le sezioni di Archeologia e Storia dell’Arte sono ospitate presso la sede principale, presso l’ex Convento dei Servi, a Siena;

sempre a Siena si trovano anche in sedi separate i locali della sezione di Preistoria (via delle Cerchia 5) e del Laboratorio di ceramologia (presso il complesso universitario di San Niccolò).

A Grosseto invece si trovano, nel complesso del Cassero della Fortezza Medicea e nell’ex convento delle Clarisse, i locali che ospitano il corso di laurea triennale in Conservazione, Gestione e Comunicazione dei Beni Archeologici.

Infine, laboratori informatici si trovano presso il parco Archeologico e Tecnologico di Poggibonsi e presso le strutture della Parchi Val di Cornia (Campiglia Marittima).